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Como principal antecedente al reconocimiento de sus excepcionales valores naturales y especialmente faunísticos, se declaró en 1960 el Coto Nacional de Caza de las Sierras de Cazorla y Segura, con una extensión cercana a las 70.000 Ha, coincidiendo con una gran parte de la mitad meridional de este espacio protegido. El primer reconocimiento internacional del interés ambiental de este espacio sobrevino con su declaración, en 1983, bajo la figura de Reserva de la Biosfera dentro del Programa MaB de la UNESCO, constituyendo una de las de mayor extensión de España. Tres años después, en 1986 es declarado el Parque Natural y en 1988 adquiere la consideración de ZEPA -Zona de Especial Protección para las Aves-. Por último ha sido propuesto como Lugar de Interés Comunitario -LIC- en el marco de la Red Natura 2000.

Recientemente la Federación de Parques Nacionales y Naturales de Europa le ha concedido el Certificado de la Carta Europea de Turismo Sostenible.
Las especiales características ambientales de las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas, su accidentada orografía, la complejidad geológica y la variada naturaleza del substrato y sus peculiares condiciones climáticas, permiten la presencia de una riqueza florística excepcional, con multitud de especies endémicas y de distribución restringida que, unido a la diversidad de su fauna e importancia de algunas de sus especies, convierten a este espacio natural en una de las áreas de mayor interés ecológico de la región.

El relieve del Parque Natural se caracteriza por su aspecto quebrado y abrupto, con una distribución de altitudes que va desde los 600 metros en las cotas más bajas de los valles fluviales hasta los 2.000 metros de Pico Cabañas y Cabrilla, lo que permite caracterizar a este espacio natural como de montaña media, aunque ello no impide la existencia de pendientes acusadas en gran parte del territorio.

Respecto a la litología, los materiales son mayoritariamente de naturaleza carbonatada, lo que resulta decisivo para explicar las formas exteriores del terreno, pero también para comprender el tipo y distribución de las especies vegetales y los campos cultivados. El particular comportamiento de la caliza ante la presencia del agua es responsable de la aparición de multitud de geoformas de detalle muy peculiares que caracterizan plenamente el paisaje de estas montañas. La formación de encajamientos profundos de los ríos en cañones impresionantes, la proliferación de navas, el desarrollo de terrazas de tobas, la aparición de lapiaces o grutas de hundimiento y disolución forman, en suma, un mosaico geomorfológico de enorme espectacularidad.

La riqueza florística del espacio queda de manifiesto ante la presencia de más de 1.800 especies de flora vascular inventariadas hasta el presente, lo que hace de este Parque Natural una de las áreas de mayor interés botánico de Andalucía, sólo superada por Sierra Nevada.

Esta importancia florística alcanza mayor relevancia ante la presencia de un gran número de endemismos y especies raras que encuentran en el Parque una de sus últimas áreas de distribución. A nivel del conjunto de España, el porcentaje de especies endémicas presentes en el Parque alcanza el 30%, siendo más de una veintena los endemismos locales cuya área de distribución se circunscribe a los límites de este espacio protegido.

Las áreas especialmente ricas en endemismos dentro del Parque se corresponden con los pisos oro y, en menor medida, supramediterráneo, presentando una concentración en determinadas áreas, como la Sierra del Pozo, la Sierra de la Cabrilla, la Sierra de Las Empanadas y la zona septentrional de la Sierra de Segura.

En cuanto al reconocimiento oficial de esta importancia, destaca el elevado número de especies que se encuentran catalogadas y protegidas según el Decreto 104/1994, de 10 de mayo, por el que se establece el Catálogo Andaluz de Especies de la Flora Silvestre Amenazada en Andalucía: 12 en la categoría de Especies en Peligro de Extinción y 16 en la categoría de Especies Vulnerables.

Por otro lado, la riqueza faunística del Parque Natural queda de manifiesto ante el hecho de que sean cerca de 200 las especies de vertebrados catalogadas en el mismo, destacando la presencia de determinados endemismos locales como la lagartija de Valverde (Algiroides marchi), descrita por primera vez en 1958, y la subespecie de la ardilla común (Sciurus vulgare subsp. segurae). En relación con los invertebrados, las numerosas especies inventariadas, siendo numerosos los endemismos descritos hasta la fecha, contribuyen, sin duda, a realzar la importancia faunística del Parque en este apartado.

A nivel de protección legal, la riqueza faunística del Parque alcanza una gran relevancia debido a la inclusión de una gran parte de las especies presentes entre las principales figuras de protección de ámbito autonómico, nacional y comunitario. A las que gozan de protección por estar incluidas en el Decreto 4/1986 , de 22 de enero, de la Comunidad Andaluza, hay que añadir la presencia de 150 especies declaradas de Interés Especial según el Real Decreto 439/1990, de 30 de marzo, por el que se regula el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. Por último, con arreglo a las normativas comunitarias, son numerosos los hábitats y especies recogidas por la Directiva Hábitat, bien como especies de interés comunitario para cuya conservación es necesario asignar zonas especiales de protección y/o como especies de estricta protección en el ámbito de la Comunidad Europea.

Asimismo, el Parque Natural Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas fue declarado Zona de Especial Protección para las Aves ( Z.E.P.A. ) según la Directiva 79/409, del Consejo de la Comunidad Europea de 2 de abril de 1979 relativa a la conservación de las aves silvestres, cumpliendo los criterios para las siguientes especies: Buitre leonado (Gyps fulvus), Águila perdicera (Hieraaetus fasciatus), Halcón (Falco peregrinus), Buho real (Bubo bubo) y Chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax).

Desde el punto de vista paisajístico, su relieve escarpado, con la presencia de frecuentes moles calcáreas disectadas por el encajamiento de la red fluvial formando profundos y estrechos valles, su exuberante vegetación, en la que destacan los extensos bosques de pinos laricios, y la presencia constante del agua a través de los numerosos ríos y embalses, configuran un conjunto de extraordinaria belleza y gran riqueza de contrastes.
Prueba de ello es la presencia dentro del Parque Natural de numerosos enclaves y parajes catalogados en diversas figuras por su interés paisajístico. En el Inventario Nacional de Paisajes Sobresalientes (ICONA 1977) son ocho las áreas del Parque inventariadas: la Cabecera del río Tus y Peña Alcón (Siles), los Campos de Hernán Pelea y Calar de las Palomas (Santiago-Pontones), Cueva del Peinero (Villacarrillo-Iznatoraf), los términos de Hornos y Segura de la Sierra y sus respectivos cascos urbanos, el Valle del río Madera (Segura de la Sierra y Santiago-Pontones), el Valle del río Segura (Santiago-Pontones) y el Valle del río Zumeta (Santiago-Pontones, limítrofe con la provincia de Albacete).

Otro reconocimiento posterior se materializó en 1986, con la aprobación del Plan Especial de Protección del Medio Físico de la provincia de Jaén , que cataloga al conjunto de las sierras que forman el Parque entre los espacios más sobresalientes de la provincia, diferenciando también una serie de espacios más pequeños por su interés ambiental y paisajístico: Salfaraf y Cerro Quintería, Sierra de Calderón y el área forestal de interés recreativo de Cazorla y Segura.
Aparte de estos espacios, cabe añadir una larga serie de áreas que destacan, igualmente, por su extraordinaria belleza, entre las que cabe señalar el embalse del Tranco con sus dos islas (Cabeza de la Viña y Bujaraiza), las calares como la Nava del Espino y El Navalperal, el Collado de Góntar, la Cordillera de Las Banderillas, El Yelmo, la cabecera del río Tus y muchos más que podrá ir descubriendo en este portal.